Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności poniższe przepisy :

    Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997r. - Ordynacja podatkowa (j.t. Dz.U. Nr 8 z 2005, poz. 60 ze zm.),
    ustawa z dnia 14 czerwca 1960r. - Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jedn. Dz. U. z   2000 r. Nr 98, poz. 1071 ze zm.),
    rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków (Dz. U. z 2002 r.Nr 5,  poz. 46),
    zarządzenie nr 14 Ministra Finansów z 27 listopada 2001r. w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt (załącznik nr 1 - instrukcja w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych),
    Regulamin Organizacyjny Małopolskiego Urzędu Skarbowego  w Krakowie.

 Sprawy w Urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa , w   sposób budzący zaufanie do urzędu skarbowego , przy  zapewnieniu stronie czynnego udziału w każdym stadium postępowania podatkowego  oraz podjęcia niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego  w prowadzonej sprawie.

Zgodnie z Ordynacją podatkową załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy tej ustawy stanowią inaczej (art. 139 § 1 ordynacji). Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie (art. 139 § 2). W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie urząd ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 § 4 ).
Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu wyższego stopnia - jeżeli sprawa nie została załatwiona przez Izbę Skarbową - do Ministra Finansów (art. 141 § 1 ordynacji).
Postępowanie wszczynane jest na wniosek strony lub z urzędu. Wymogi formalne podania przewidują co najmniej wskazanie w nim treści żądania, osoby od której pochodzi oraz jej adresu. Przepisy szczególne mogą określać dodatkowe wymagania jakie winno spełniać podanie. Przy postępowaniu odwoławczym, odwołanie wnosi się do Dyrektora Izby Skarbowej za pośrednictwem organu pierwszej instancji, który wydaje decyzję.

Bezpośrednia obsługa informacyjna i kancelaryjna podatników odbywa się w siedzibie Urzędu, gdzie wydzielone  jest stanowisko  operacyjne- punkt obsługi podatników, którego zadaniem jest :

    udzielanie informacji interesantom o sposobie załatwiania spraw w Urzędzie ,
    przyjmowanie formularzy podatkowych, pism i innych dokumentów,
    wydawanie potrzebnych formularzy i  druków podatkowych,
    przyjmowanie korespondencji  napływającej drogą pocztową,

Korespondencja może być przekazywana do Urzędu także drogą pocztową, telefaksową i elektroniczną – z uwzględnieniem procedur zapisanych w przepisach  o ochronie informacji niejawnych.