Terytorialny zasięg działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Krowodrza został określony rozporządzeniem Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 roku w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej ( Dz.U. 2017.393).
Terytorialny zasięg działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Krowodrza wyznacza granica przebiegająca:
- z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik ulicami: Pasternik, Radzikowskiego do Ronda Ofiar Katynia, Armii Krajowej do przecięcia z linią kolejową Kraków-Katowice, wzdłuż tej linii do skrzyżowania z linią kolejową Kraków-Warszawa;
- z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Stare Miasto wzdłuż linii kolejowej Kraków-Warszawa do skrzyżowania z ul. Kamienną, Alejami Trzech Wieszczów 5 (J. Słowackiego, A. Mickiewicza, Z. Krasińskiego) do mostu Dębnickiego i dalej nurtem rzeki Wisły do granicy administracyjnej miasta.
Ulice graniczne z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków- Prądnik objęte są terytorialnym zasięgiem działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Krowodrza. Zachodnia strona (numery parzyste) ul. Kamiennej, al.: J. Słowackiego, A. Mickiewicza, Z. Krasińskiego objęta jest terytorialnym zasięgiem działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Krowodrza. Wschodnia strona (numery nieparzyste) ul. Kamiennej, al.: J. Słowackiego, A. Mickiewicza, Z. Krasińskiego objęta jest terytorialnym zasięgiem działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Stare Miasto.