Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności poniższe przepisy:
- ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 800, z późn. zm.)
- ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (t.j. Dz. U. z 2017 r. poz. 23, z późn. zm.),
- rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków (Dz. U. Nr 5, poz. 46),
- zarządzenia nr 14 Ministra Finansów z dnia 27 listopada 2001 r. w sprawie obsługi  kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt (załącznik nr 1: instrukcja w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych),
- Regulamin Organizacyjny Urzędu Skarbowego w Nowym Sączu,
- instrukcjia obiegu dokumentów w Urzędzie Skarbowym w Nowym Sączu.
Korespondencja wpływa do Urzędu w następujący sposób:
- poprzez bezpośrednie przyjmowanie przez pracowników komórki ds. obsługi bieżącej na sali obsługi interesantów oraz referentów spraw,
- drogą pocztową, faxem, e-mail .
Po zadekretowaniu przez kierownictwo Urzędu sprawy przekazywane są do załatwienia przez poszczególne komórki Urzędu lub wyznaczonych pracowników.
Sprawy w Urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu ogólnych zasad, tj.: praworządności, terminowości, prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organu podatkowego, zapewnienia stronie czynnego udziału w każdym stadium postępowania oraz podjęcia niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego prowadzonej sprawy.
Zgodnie z Ordynacją podatkową załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania następuje bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej (art. 139 par 1 Op). Niezwłocznie są załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie. (art. 139 par 2) W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie Naczelnik Urzędu ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 par 1 Op). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 par 4).
Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu podatkowego wyższego stopnia (art. 141 par 1 Op).
Postępowanie wszczynane jest na wniosek strony lub z urzędu. Przy postępowaniu odwoławczym, odwołanie wnosi się do Dyrektora Izby Skarbowej za pośrednictwem organu pierwszej instancji, tj. Naczelnika Urzędu Skarbowego. Wymogi formalne podania przewidują co najmniej wskazanie w treści żądania, osoby od której pochodzi oraz jej adresu. Przepisy szczególne mogą określać dodatkowe wymagania co do treści podania.
Sprawy załatwiane są w formie pisemnej.
Uprawnienia do podpisywania pism określa Regulamin Organizacyjny Urzędu Skarbowego w Nowym Sączu.
Skargi i wnioski
Naczelnik Urzędu Skarbowego w Nowym Sączu przyjmuje interesantów w sprawach skarg i wniosków codziennie w godzinach urzędowania.