Zasady prowadzenia przez Urząd  rejestrów i archiwów regulują poniższe przepisy:

• ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2012 r., poz. 749 z późn. zm.),
• Zarządzenie Nr 14 Ministra Finansów z dnia 27 listopada 2001 r. w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt w tych organach,
• Zarządzenie Nr 10 Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie z dnia 1 kwietnia 2015 r. w sprawie nadania Urzędowi Skarbowemu w Brzesku Regulaminu Organizacyjnego.

Wykaz rejestrów i archiwów:

• rejestr zastawów skarbowych,
• biblioteka akt podatkowych. 

Z dniem 1 kwietnia 2015 r. archiwum zakładowe prowadzone jest przez Izbę Skarbową w Krakowie.