Terytorialny zasięg działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik został określony rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 19 listopada 2003 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych (Dz. U. Nr 209 poz. 2027) wydanym na podstawie art. 5 ust. 9c ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych.

Zakres terytorialnego zasięgu działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik obejmuje części miasta na prawach powiatu – Kraków pod nazwami: Prądnik Biały, Prądnik Czerwony.
Terytorialny zasięg działania Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik wyznacza granica przebiegająca:
- z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Stare Miasto: linią kolejową od skrzyżowania z ul. Langiewicza do skrzyżowania z ul. Rakowicką,
- z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Śródmieście: od skrzyżowania ul. Dobrego Pasterza z al. Gen. Bora-Komorowskiego, ul. Akacjową do ul. M. Dzielskiego przez tereny zielone, do ogródków działkowych, przez ogródki działkowe do skrzyżowania z al. Jana Pawła II, Parkiem Lotników Polskich, ul. Czyżyńską, ul. Szenwalda do ul. Mogilskiej, ul. Mogilską do skrzyżowania z obwodnicą towarową, obwodnicą towarową do skrzyżowania z Rakowicką,
- z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Nowa Huta: od skrzyżowania linii kolejowej Kraków–Warszawa z granicą administracyjną miasta w kierunku południowo-wschodnim do przecięcia z ul. Powstańców, ulicami: Reduta, F. Bohomolca, Dobrego Pasterza do al. Gen. Bora-Komorowskiego. Akacjową.
Ulice graniczne objęte są terytorialnym zasięgiem działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik, z wyjątkiem ul. Mogilskiej, którą obsługuje w całości Naczelnik Urzędu Skarbowego Kraków-Śródmieście.