Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności przepisy następujących aktów prawnych:

-    ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz. U. z 2020 r., poz. 1325 z późn. zm.),

-    ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jednolity Dz. U. z 2021 r., poz. 735),

-    zarządzenie nr 37 Ministra Finansów z dnia 14 sierpnia 2012 r. w sprawie postępowania w przypadku zaskarżenia do Sądu Administracyjnego decyzji, postanowienia lub innego aktu albo czynności z zakresu administracji publicznej oraz rejestrów prowadzonych w tych sprawach (Dz. Urz. Min. Fin z 2012 r., poz. 44),

-    rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków (Dz. U. Nr 5, poz. 46),

-    regulamin organizacyjny Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie

Sprawy w urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu zasad wynikających z Kodeksu postępowania administracyjnego i Ordynacji podatkowej.

Zgodnie z Ordynacją podatkową załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej (art. 139 § 1 Op).

Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę, lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie (art. 139 § 2 Op).

W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie urząd ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1 Op). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 § 4 Op).

Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu wyższego stopnia, tj. do Ministerstwa Finansów (art. 141 §1 Op). Postępowanie wszczynane jest na wniosek strony lub z urzędu. Przy postępowaniu odwoławczym, odwołanie wnosi się do Ministerstwa Finansów za pośrednictwem organu pierwszej instancji, który tę decyzję wydał.

Sprawy załatwiane są w formie pisemnej. Uprawnienia do podpisywania pism określa Regulamin organizacyjny Organu.