Małopolski Urząd Celno-Skarbowy w Krakowie zasięgiem terytorialnym obejmuje obszar województwa małopolskiego.

Na mocy art. 61 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, Naczelnik Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie może wykonywać kontrolę celno-skarbową na całym terytorium Rzeczpospolitej Polskiej."