Zgodnie z art.11.1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, Naczelnik Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego jest organem KAS.
Zasięg terytorialny działania Naczelnika Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie obejmuje obszar województwa małopolskiego.
Główna siedziba Naczelnika Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego znajduje się w Krakowie.
Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego powołuje Szef Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek dyrektora izby administracji skarbowej.
Naczelnik urzędu celno-skarbowego wykonuje swoje zadania przy pomocy urzędu celno-skarbowego.
Zgodnie z art. 36.1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, urząd celno-skarbowy wraz z podległymi oddziałami celnymi są jednostkami organizacyjnymi KAS.
Małopolski Urząd Celno-Skarbowy jest jednostką organizacyjną KAS obsługującą Naczelnika Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie.
Zgodnie z art. 37 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, w sprawach organizacyjno-finansowych izba administracji skarbowej wraz z podległymi urzędami skarbowymi oraz urzędami celno-skarbowymi stanowi jednostkę organizacyjną, której kierownikiem jest dyrektor izby administracji skarbowej.
Zakres działania, zasięg terytorialny oraz organizację urzędu celno-skarbowego określają w szczególności:
- Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2023 r., poz. 615, z późn. zm.);
- Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 1948, z późn. zm.);
- Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izb administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (t.j. Dz. Urz. Min. FFiPR z 2020 r., poz. 16, z późn. zm.);
- Regulamin organizacyjny Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie;
- Przepisy odrębne.