Na podstawie art. 33 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (tekst jednolity Dz. U. z 2021 r., poz. 422 z poźn. zm. )  do zadań naczelnika urzędu celno-skarbowego należy:

1) wykonywanie kontroli celno-skarbowej, z wyłączeniem kontroli, o której mowa w dziale II B Ordynacji podatkowej oraz art. 54 ust. 2 pkt 9 ustawy o KAS;

2) ustalanie i określanie podatków, opłat i niepodatkowych należności budżetowych oraz innych należności na podstawie odrębnych przepisów;

3) rozstrzyganie w drugiej instancji w sprawach, o których mowa w art. 83 ust. 1 ustawy o KAS;

4) prowadzenie urzędowego sprawdzenia;

5) obejmowanie towarów procedurami celnymi oraz wykonywanie innych czynności przewidzianych przepisami prawa celnego;

6) wymiar należności celnych i podatkowych oraz innych opłat, związanych z przywozem i wywozem towarów;

7) prowadzenie w pierwszej instancji postępowań w sprawach celnych przewidzianych przepisami prawa celnego oraz w sprawach podatkowych związanych z przywozem lub wywozem towarów;

8) rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych, zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom oraz ściganie ich sprawców, w zakresie określonym w Kodeksie karnym skarbowym (Dz. U. z 2023 r. poz. 654, z późn.zm.);

9) rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw określonych w ustawie z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości, zapobieganie tym przestępstwom oraz ściganie ich sprawców (Dz.U. z 2019 r. poz. 351, z późn. zm.);

10) rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw i wykroczeń określonych w zakresie:

a) art. 53 ustawy z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach (Dz. U. z 2020 r. poz. 164, z późn. zm.),

b) art. 116–118 ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych (Dz. U. z 2020 r. poz. 164),

c) art. 34a ust. 1 ustawy z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach (Dz.U. z 2020 r. poz. 902),

d) art. 183 § 2 i 4–6, w przypadku czynów, o których mowa w art. 183 § 2, 4 i 5 Kodeksu karnego (Dz. U. z 2020 r. poz. 1444),

e) art. 244 Kodeksu karnego, w zakresie niestosowania się do zakazu wstępu do ośrodków gier i uczestnictwa w grach hazardowych,

f) art.29a ust.1 ustawy z dnia 27 czerwca 1997r. o bibliotekach (Dz.U. z 2019 r. poz. 1479),

g) art. 305 ustawy z dnia 30 czerwca 2000 r. – Prawo własności przemysłowej (Dz. U. z 2020 r. poz. 286, z późn. zm.),

h) art. 33 ust. 1, 2 i 3 ustawy z dnia 29 listopada 2000 r. o obrocie z zagranicą towarami, technologiami i usługami o znaczeniu strategicznym dla bezpieczeństwa państwa, a także dla utrzymania międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa (Dz. U. z 2020 r. poz.509),

i) art. 12a, art. 13 i art. 14 ustawy z dnia 2 marca 2001 r. o wyrobie alkoholu etylowego oraz wytwarzaniu wyrobów tytoniowych (Dz. U. z 2018 r. poz. 2352),

j) art. 109 ustawy z dnia 23 lipca 2003 r. o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami (Dz. U. z 2020 r. poz. 282, z późn. zm.),

k) art. 128, art. 131 pkt 4 w zakresie, o którym mowa w art. 73 ust. 1 pkt 2, oraz art. 131 pkt 10 i 14 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2020 r. poz. 55, z późn. zm.),

l) art. 55, art. 57, art. 61 i art. 66 ustawy z dnia 29 lipca 2005 r. o przeciwdziałaniu narkomanii (Dz. U. z 2019 r. poz. 852, z późn. zm.),

m) art. 41, art. 43 i art. 44 ustawy z dnia 18 października 2006 r. o wyrobie napojów spirytusowych oraz o rejestracji i ochronie oznaczeń geograficznych napojów spirytusowych, (Dz. U. z 2020 r. poz. 1419),

n) art. 12 ustawy z dnia 13 kwietnia 2016 r. o bezpieczeństwie obrotu prekursorami materiałów wybuchowych (Dz. U. z 2019 r. poz. 994)

- oraz zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom, a także ściganie ich sprawców, jeżeli zostały ujawnione przez Służbę Celno-Skarbową;

11) wykonywanie środków karnych i zabezpieczających, w zakresie określonym w Kodeksie karnym skarbowym;

12) wykonywanie orzeczeń o przepadku towarów nieunijnych;

13) realizacja zadań, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 15 i 16a i 16c ustawy o KAS;

14) wykonywanie czynności, o których mowa w art. 113–117, art. 118 ust. 1–17, art. 120 ust. 1–6, art. 122–126, art. 127 ust. 1–5, art. 127a ust. 1,2 i 6-12 , art. 128 ust. 1, art. 131 ust. 2 i 5 i art. 133 ustawy o KAS;

15) współpraca w zakresie wymiany informacji podatkowych, celnych i finansowych z państwami członkowskimi Unii Europejskiej oraz z państwami trzecimi określonych przepisami prawa międzynarodowego;

16) prowadzenie działalności analitycznej, prognostycznej i badawczej oraz analizy ryzyka dotyczącej zjawisk występujących w obszarze jego właściwości;

17) zapewnianie ochrony fizycznej i technicznej osobom zatrudnionym w jednostkach organizacyjnych KAS oraz funkcjonariuszom, a w uzasadnionych przypadkach także innym osobom, organom i instytucjom państwowym;

18) współdziałanie z Szefem Krajowej Administracji Skarbowej przy realizacji zadań w ramach współdziałania, o którym mowa w dziale IIB Ordynacji podatkowej;

19) wykonywanie innych zadań określonych w odrębnych przepisach.

Naczelnik urzędu celno-skarbowego wykonuje swoje zadania przy pomocy urzędu celno-skarbowego.
 

Zakres działania, zasięg terytorialny oraz organizację urzędu celno-skarbowego określają w szczególności:

• Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej  (t.j. Dz. U. z 2023 r., poz. 615, z poźn. zm.);  
• Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2016 r., poz. 1948, z późn. zm.);
• Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izb administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (t.j. Dz. Urz. Min. FFiPR z 2020 r., poz. 16 z późn. zm.);   
• Regulamin organizacyjny  Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie;
• Przepisy odrębne.

Regulamin organizacyjny określa:
1)  strukturę organizacyjną Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie;
2)  zakres zadań komórek organizacyjnych;
3)  zakres nadzoru sprawowanego przez naczelnika i zastępców naczelnika;
4)  zakres stałych uprawnień – zastępców naczelnika, kierowników działów, kierowników komórek organizacyjnych i innych pracowników obsługujących Naczelnika Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie zatrudnionych lub pełniących służbę na stanowiskach samodzielnych – do wydawania decyzji, podpisywania pism i wyrażania opinii w określonych sprawach.